YourSeq (Full Transcript&3’DGE) RNA-Seq 服务

灵活,高效,低成本

 

YourSeq(Full Transcript & 3’DGE) RNA-Seq 服务概览

YourSeq Services

此服务即将上线,敬请期待。

Active Motif的YourSeq(FT&3’DGE) RNA-Seq服务利用一种新兴的、高效的实验方法实现全转录(FT)或3’-数字基因表达(DGE) 测序。常规的全转录(FT)RNA-Seq产生的数据与整个表达的转录组相对应。3‘数字基因表达(3’-DGE)则提供具有poly A尾的mRNA信息。由于复杂性降低,3’-DGE需要的测序深度将减少四分之一到三分之一,大大降低了测序成本。​​

YourSeq文库准备工作流程利用DNA呼吸的自然现象,减少了传统RNA文库制备方法中耗时和高成本的几个步骤。DNA呼吸是DNA由于热波动而打开和关闭的过程。在第一链cDNA合成之后,YourSeq方法在DNA:RNA杂交分子的末端开放时,将5-prime adapter添加到cDNA中,该过程称为 “呼吸捕捉” , 这一步允许酶促合成第二条DNA链,而并不需要去除RNA的步骤。该工作流程还实现了链特异性,因为adapter是通过启动cDNA链而添加的,此过程不启动RNA链。

YourSeq(FT&3‘DGE)RNA-Seq 服务的优势:

  • 只需更低的测序量,和更低的成本
  • 可选择全转录(FT)或3’-数字基因表达(DGE)建库
  • 严格的链特异性建库
YourSeq (FT & 3’DGE) Strand-Specific mRNA Library workflow
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FT vs. 3’DGE​

Active Motif提供两种不同的YourSeq RNA序列服务:全转录(FT)或3’-数字基因表达(3’DGE)。这两种方法都有优点和缺点。根据您的需要可选择适合的服务。

3’DGE测序

3‘数字基因表达(3’-DGE)选项最适用于差异基因表达分析,其主要目标是识别响应某些实验条件而上调或下调的基因和进程。

与随机扩增不同的是,3‘DGE的cDNA合成步骤使用带有寡核苷酸(dT)的adapter与转录物的poly(A)尾部互补。这意味着3’-DGE测序的产物大部分都是映射到转录本的3‘-端。由于转录分子和cDNA分子之间存在理论上的1对1相关性,因此与转录长度不相关,并且映射到基因的reads数仅是转录丰度的函数,所以一个长基因与一个转录物丰度相似的短基因具有相同数量的reads。

3‘-DGE所产生的数据复杂性降低。这意味着,与常规RNA序列相比,所需的测序深度更低。此外,双端测序并不会增加3’-DGE的有效信息。因此,在常规RNA-Seq文库每样本需要20-30 M 双端测序的情况下,3’DGE文库仅需要8 M左右的单端测序就足矣,测序成本将大大降低。


3’DGE RNA-seq最佳适用范围:

  • 注释良好的基因组的差异基因表达
  • 通过鉴定表达基因和3'-UTR来改进注释​
  • 3'-UTR基因分型和多态性检测​
  • 选择性聚腺苷酸化的检测和表征​

全转录(FT)测序:

全转录(FT)测序选项用于常规全转录RNA测序。常规的全转录(FT)RNA-Seq产生的信息将覆盖整个表达的转录组。

这是通过在cDNA合成步骤中随机RNA片段化和随机引物扩增来实现的。当数据结果映射到参考转录组或基因组时,reads在表达的转录本上是完全覆盖的。在常规RNA-Seq中,定位到基因的reads是转录物丰度和转录物长度的函数。因此,一个长基因将比一个转录物丰度相似的短基因有更多的reads。

虽然FT测序每个样本需要20-30 M的双端测序数据,而3‘-DGE库只需要3-10 M的单端测序数据。但是在某些情况下,研究者们需要完整的转录组测序。例如,剪接变体分析或外显子多态性的检测,这些都需要整个编码序列的信息。


FT RNA-Seq最佳适用范围:

  • 未注释基因组的差异基因表达
  • 基因分型和外显子多态性检测
  • 剪接变体分析​
  • 基因融合丰度的检测
 

YourSeq 服务数据展示

YourSeq Services Full Transcript Gene Coverage
YourSeq Services 3'DGE Gene Coverage

图1:全转录和3’DGE测序的转录覆盖率

A. YourSeq全转录测序Reads在表达转录本外显子上的覆盖   B. YourSeq 3’DGE测序Reads主要映射在转录本的3’端


Correlation of gene counts for full transcript and 3’DGE sequencing.
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图2:全转录和3’DGE测序的gene counts 相关性

全转录与3’DGE的基因计数的log-log散点图显示了相似的基因捕获,尽管3’DGE所需的测序读数较低。从人白血病细胞(UT-7)中分离出1000 ng总RNA,并富集ploy(A)以去除rRNA。YourSeq(FT&3’DGE)strand-specific mRNA library prep试剂盒用于完整转录本或3’DGE文库的制备。数据由NovaSeq 6000产出,全转录(FT)文库 50 M双端测序,3’DGE文库20 M 单端测序。

 

 

YourSeq 服务相关文档

 

 

 

YourSeq Services Sample Submission Portal

Our online sample submission portal allows you to easily upload your service project samples and track your project status. Follow the sample submission instructions in the portal to ensure that all your samples arrive at Active Motif in the best possible condition and properly associated with your project.

 

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