ATAC-Seq试剂盒

在全基因组范围内分析开放的染色质区域。

 

ATAC-Seq试剂盒总览

ATAC-Seq是一种快速检测方法,可通过识别具有开放或可及状态的染色质区域来分析整个基因组的表观遗传概况。ATAC-Seq方法快速,简便,适用于广泛的样品类型,已成为常用的表观遗传学分析方法,并且可以作为更深入的表观遗传学分析的基础。

在ATAC-Seq实验中,用高活性的突变Tn5转座酶处理来自细胞或组织样品的完整细胞核。该转座酶把DNA片段化的同时用测序接头标记靶DNA。

ATAC-Seq Kit

Active Motif的ATAC-Seq试剂盒提供了与Illumina®平台兼容的ATAC-Seq文库制备试剂,可以从20 – 30 mg组织或50,000 – 100,000个细胞中生成16种不同的ATAC-Seq文库。经过优化的方案将指导您完成样品制备、DNA片段标记和文库构建的步骤,构建可在单个测序反应中进行多重测序的文库。

ATAC-Seq试剂盒亮点

  • 显示开放染色质区域的基因组序列
  • 仅需数小时即可完成NGS文库制备
  • 简单,快速的实验步骤与优化的试剂
了解有关ATACT-Seq的更多信息
 

ATAC-Seq试剂盒组分

ATAC-Seq试剂盒包含两盒组分,其中-20°C保存的一盒组分干冰运输,4°C保存的另一盒组分室温运输。首次使用后,请根据说明书中的存放条件保存。妥善保管的试剂自收货之日起可稳定保存6个月。

试剂包括

  • ATAC Lysis Buffer, store at RT
  • Assembled Transposomes, store at -20°C
  • 2X Tagmentation Buffer, store at -20°C
  • 1X PBS, store at -20°C or RT
  • 10X PBS, store at RT
  • 10% Tween 20, store at RT
  • 1% Digitonin, store at -20°C
  • DNA Purification Columns, store at RT
  • DNA Purification Binding Buffer, store at RT
  • DNA Purification Wash Buffer, store at RT
  • DNA Purification Elution Buffer, store at RT
  • 3 M Sodium Acetate, store at RT
  • 10 mM dNTPs, store at -20°C
  • 5X Q5 Buffer, store at -20°C
  • Q5 High-Fidelity DNA Polymerase, store at -20°C
  • i7 Indexed Primer 1, store at -20°C
  • i7 Indexed Primer 2, store at -20°C
  • i7 Indexed Primer 3, store at -20°C
  • i7 Indexed Primer 4, store at -20°C
  • i5 Indexed Primer 1, store at -20°C
  • i5 Indexed Primer 2, store at -20°C
  • i5 Indexed Primer 3, store at -20°C
  • i5 Indexed Primer 4, store at -20°C
  • SPRI Beads, store at 4°C
 

ATAC-Seq试剂盒数据

ATAC-Seq试剂盒包含进行16个ATAC-Seq反应所需的试剂和酶。这些试剂盒组分经过优化,可以高效工作,经验证可以生成高质量的ATAC-Seq数据。

揭示启动子处染色质的开放位置

具有转录活性的基因,其启动子处的染色质通常是开放的或可及的。ATAC-Seq分析会在这些位置产生峰,揭示正在研究的样品中开放的染色质区域。

ATAC-Seq Kit Genome Browser

图1:ATAC-Seq试剂盒实验结果展示在基因组浏览器中。ATAC-Seq试剂盒用于评估小鼠脑组织样品的全基因组开放染色质状态。此处显示的基因组浏览器轨迹位于FOXP3基因位置,该基因编码有丝分裂后神经元的生物标记物。峰表明在FOXP3基因的启动子上有开放的染色质。

试剂盒实验结果与已发表数据高度相关

Active Motif的ATAC-Seq试剂盒可生成高质量数据。使用ATAC-Seq试剂盒产生的ATAC-Seq数据与已发表的ATAC-Seq数据具有很好的相关性,这突出说明了该检测方法的可靠性和可重复性。

ATAC-Seq RKPM Data

图2:ATAC-Seq试剂盒文库与已发表的ATAC-Seq数据集的相关性。该图显示了在GM12878细胞中,已发表的ATAC-Seq(Buenrostro, J. D. et al. (2013) Nat. Methods 10: 1213-1218)数据的峰中的RPKM信号与使用试剂盒生成的数据集之间的相关性为0.94。

 

ATAC-Seq Kit FAQs

此试剂是否和最初Buenrostro et al 在nature上发表的方法一样?

Active motif 基于最初Buenrostro 的文章和2017年Corces et al. 在nature上发表的文章,优化了缓冲液以满足跟多的实验需求和高效的实验过程。

试剂盒中包含的重组Tn5酶的来源是?

此试剂盒中的Tn5是由我司克隆,表达,纯化,验证的超活性突变克隆。所提供的这款转座酶预先已链接好用于NGS测序的接头(adaptor)序列,所以它不许任何预处理过程,可直接用于实验。

每个反应需要使用的最小细胞数量或组织量是多少?

50,000个细胞或20 mg组织样本。

可以使用冻存的组织和细胞吗?

可以,但样本得保证高质量且高活性,细胞应在控制速率冷冻中冷冻保存(例如细胞冻存液梯度冻存),冷冻介质的配方应防止冰晶形成和随后的细胞损伤,组织应在-80°C下快速冷冻。

可将细胞核冻存后用于后续ATAC-seq实验吗?

可以的,提取的细胞核可以-80℃冻存用于后续使用。制备的同样品细胞核可合并在一起增加样本量。

可以使用FACS分选后的细胞吗?

可能可以。但FACS后细胞可能会被破坏。一个高质量的ATAC-seq 文库需要高质量高活性的细胞。

您是否建议使用40微米筛孔的组织样本过滤器?

是的,我们推荐使用Falcon 40微米过滤器(Falcon货号:352340)。

所有样本都需要DNase处理吗?

DNase的处理能够帮助确定悬液中游离DNA的去除,如线粒体DNA的去除,如果细胞样本中有15%的死亡率,细胞活性不够且必须使用此酶,它最终可能会移除你想要的细胞数据。只有当细胞是活较高时,并且不会被酶消化时,才建议将其作为一种选择。

若没有thermomixer,是否还能使用此试剂盒?

建议使用Thermomixer。然而,我们已经对此进行了测试,在37°C温度下不使用thermomixer而是在带热盖的热循环器中进行转座反应,反应能够成功。

是否能够室温融化此试剂盒包含的所有试剂和组分,如master mixes和酶?

除了转座酶和Q5 DNA polymerase 以外,其他试剂均可室温融冻。转座酶和Q5 DNA polymerase 包装中含有甘油,不会被冻结,请直接放在冰上使用。其他组分可融冻多次用于以后使用,所以不需要一次性将16次的试剂用完。

最后的文库大小应该是多少?文库在片段分析以上呈现出的样式又该是如何呢?

ATAC-Seq Kit Library Traces

(Click image to enlarge size)

文库大小应该在250bp至1000bp左右,波动频率应该~150bp。

每个样本需要测序多少量的reads?

常规20 M reads的测序量就足够了。

Can I multiplex more than 16 samples using the ATAC-Seq Kit?

The ATAC-Seq Kit is supplied with 4x4 unique dual indexes for 16 unique samples. The indexed primers in the kit are identical to the Illumina Nextera primers corresponding to N701-N704 and N501-N504. If you would like to multiplex more than 16 samples our Nextera™-Compatible Multiplex Primers (96 plex) kit (Cat. No. 53155) enables multiplexing up to 96 reactions. These primers are provided at a concentration of 25 µM to be used directly in our Kits. You could also purchase and combine other Illumina Nextera primers at the same concentration (25 µM) as those in the kit.


 

ATAC-Seq试剂盒文档

 

 

 

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