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超声波发生器将电能转换为超声波能量，然后将超声波能量传输给需要被处理的样本。超声波发生器生成的声波产生压缩和膨胀的交替循环，这个循环速率就是声波的频率。在低压循环期间，高强度超声波会产生小的真空气泡；当气泡不能再吸收能量时，它们会在高压循环中剧烈坍塌，这种现象被称为空化，正是这种空化力导致DNA和染色质在超声处理过程中断裂。

多样本超声仪可以同时对多个样本进行超声处理。多样本超声仪通常使用水浴超声技术或聚焦超声技术，同时还带有集成的冷却系统，因此可确保样本处理的良好重复性、有效性和温度监测功能。然而，一些多样本超声仪非常昂贵，尤其是一些商用的高通量超声仪的耗材可能每个就要花费数百美元。

在大多数ChIP实验中，超声处理是关键的第一步。如果ChIP实验中的超声处理效率不高，或者没有生成足够的染色质，那么无论ChIP抗体有多好，或者ChIP实验的其它步骤有多可靠，都无法获得好的实验结果。

为什么染色质超声处理这么重要呢？一是超声破碎细胞并释放染色质，因此需要确保这一步是有效的，从而获得良好的染色质产量；二是为了在ChIP-Seq分析中实现有效的免疫沉淀和良好的峰值分辨率，还需要超声处理来生成大小合适（200-600 bp）的DNA片段。

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