PIXUL™多样本超声破碎仪

升级到PIXUL,实现染色质,DNA,RNA和蛋白质的真正可重复剪切。

 

PIXUL 多样本超声破碎仪概述

NGS应用如ChIP-Seq,RNA-Seq,RIP-Seq,外显子测序和全基因组测序,需要精确的样品片段化(200-600 bp)处理才能与短读长的测序平台兼容。与酶切方法相比,物理超声剪切具有无序列偏好性和产生相对较窄的片段分布的优点,因此做为样品片段化处理的优先选择。

然而,目前市场上可用的大多数的超声处理系统与高通量样品处理不兼容,或者需要昂贵的专用耗材。 PIXUL是第一个也是唯一的可同时处理96个样本,并且产生稳定一致的剪切效果的多样本超声破碎仪。此外,PIXUL还具有操作简单快速,价格低廉的优点。

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PIXUL Multi-sample Sonicator

PIXUL 多样本超声破碎仪亮点

  • 同时平行处理1-96个样本以消除NGS应用中样本高通量剪切处理的瓶颈
  • 单个96孔板上最多可以同时运行12种不同的超声处理条件,从而可以同时处理多种类型样品,或者快速优化难处理样品的超声条件
  • 与纯化提取样品、细胞或组织的染色质、DNA、RNA和蛋白兼容
  • 价格低廉的耗材使样品处理费用保持低水平
  • 短至15分钟的耦合流体循环避免了冗长的水脱气过程

使用PIXUL™多样本超声破碎仪进行高效的超声

观看这个短视频了解PIXUL™的更多信息,PIXUL是第一个也是唯一的可同时处理96个样本,并且产生稳定一致的剪切效果的多样本超声破碎仪。此外,PIXUL还具有操作简单快速,价格低廉的优点。

以低廉的使用成本实现卓越的超声处理一致性

当前,在其他平台上的高通量超声处理受到耗材(昂贵的专用管,孔板及试剂)成本的限制。然而,与PIXUL 多样本超声破碎仪一起使用的低成本圆底板可直接与细胞培养和剪切兼容,从而消除了样品转移步骤带来的不方便和样本损失。此外,PIXUL仪器中使用的耦合液不需要长时间的脱气,15分钟内即可充分循环进行超声。根据样本类型和应用的不同,PIXUL处理多达96个样品的超声时间仅需10-30分钟。

Comparison of Pricing, Throughput, and Workflow Preparation Time for PIXUL and Competitor Sonication Systems
 

PIXUL 多样本超声破碎仪样本处理数据

极其一致的基因组DNA剪切

将基因组DNA高度稳定一致地剪切至合适的大小,构建有功能的NGS文库是得到高质量和可比较的NGS数据不可或缺的部分。使用探针式超声仪进行手动剪切或使用剪切效果不一致的高通量超声仪进行剪切会引入样品间的偏差。

为了测试PIXUL 多样本超声破碎仪超声处理结果的一致性,将纯化的基因组DNA加到PIXUL 96孔板的所有孔中进行超声处理,处理结束后通过片段分布检查超声处理的一致性和效率。在整个96孔板上观察到高度一致的平均片段长度和标准差。

DNA Shearing Consistency with the PIXUL Instrument

图1: PIXUL 多样本超声破碎仪始终一致的将纯化的基因组DNA样品剪切到理想片段大小。将10 µg鲑鱼精子DNA加入PIXUL 96孔板的每个孔中处理36分钟。处理结束后在琼脂糖凝胶上检查片段分布,平均片段大小为307 +/- 35 bp。Nucleic Acids Res. 2019 Jul 9; 47(12):e69。

PIXUL提供比竞争对手C更一致的染色质剪切效果

剪切片段大小分布相对较窄且稳定一致的剪切效果对ChIP-Seq研究是非常有帮助的,因为这样可以提高转录因子结合位点或组蛋白翻译后修饰位置的分辨率。

为了评估不同的多样本超声仪之间的染色质超声处理一致性,我们将PIXUL与领先的竞争对手C超声处理系统进行了比较。与竞争对手C相比,PIXUL在染色质剪切方面表现出更高的一致性。

Chromatin Shearing Consistency with the PIXUL Compared to Competitor C

图2: PIXUL 多样本超声破碎仪始终将染色质超声处理至最佳片段大小。将200,000个HCT116细胞加入PIXUL 96孔板或竞争对手C专用板的每个孔中。对这些样品进行超声处理,并通过琼脂糖凝胶电泳检查片段大小分布。PIXUL处理的样品具有更紧密的尺寸分布,并在整个96孔板上具有更高的一致性。Nucleic Acids Res. 2019 Jul 9; 47(12):e69。

与竞争对手D相比,PIXUL可实现更一致的超声处理和更高的染色质回收率

因为超声处理效率低下造成的局限性,ChIP-Seq研究历来需要从数百万个细胞中制备染色质。随着ChIP-Seq技术的进步,通过提高超声处理和染色质回收的效率,所需的起始细胞数量已降低。

PIXUL 96孔板可与细胞培养,固定和超声处理步骤兼容,因此无需将样品从培养板转移到超声板,并且无需担心样品丢失的风险。与竞争对手D相比,PIXUL在超声处理后显示出更紧密的染色质片段大小分布,以及更高的染色质回收率(数据未显示)。

Chromatin Shearing is More Consistent with PIXUL than Competitor D

图3: PIXUL 多样本超声破碎仪始终将染色质超声处理至最佳片段大小。将HEK293细胞加到PIXUL 96孔板的每个孔中。这些细胞的培养,固定和染色质片段化都在同一平板中进行,没有进行任何样品转移。竞争对手D表现出的片段一致性较差。Nucleic Acids Res. 2019 Jul 9; 47(12):e69。

仅需要竞争对手C的小部分成本,PIXUL就能提供与之相当的外显子测序结果

在外显子测序实验中比较PIXUL与竞争对手C的表现。该实验需要首先进行DNA剪切。使用500 ng起始DNA,用PIXUL或竞争对手C剪切样品,构建文库,富集外显子并测序。分析的几种测序指标表明PIXUL仪器生产的外显子文库性能与竞争对手C相当,而PIXUL及耗材成本仅为竞争产品C的一小部分。

Exome Sequencing Metrics from PIXUL and Competitor C

图4: 在构建外显子测序文库之前,使用PIXUL和Competitor C超声处理系统剪切500 ng 基因组DNA样品。NGS指标表明这些文库的性能相当。 2019 Jul 9; 47(12):e69。

索取更多信息或安排演示实验

 

PIXUL 多样本超声破碎仪储存与部件

PIXUL 多样本超声破碎仪室温运输,需要在15°C - 25°C,最大相对湿度85%的环境中使用。

每台仪器包含以下组件:

  • PIXUL仪器主机
  • 电源线
  • 排水软管
 

PIXUL 多样本超声破碎仪文档

 


 

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