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scATAC-Seq 简介
单细胞ATAC-Seq（scATAC）基于转座酶介导的测序引物插入开放的染色质区域。像普通的ATAC-Seq一样，该测定法提供了染色质开放和可及区域的轮廓，这些轮廓指示了单细胞分辨率下的活跃调控区域。
我们的scATAC-Seq服务可以同时检测数千个细胞的全基因组染色质可及性，从而可以检测异种群体中的细胞亚群，这种细胞亚群的信息会在普通ATAC-Seq中丢失。
使用scATAC-Seq有什么优势？
scATAC-Seq可用于鉴定复杂样品中具有不同染色质可及性谱的细胞亚群，从而无需诸如FACS或磁珠分选等分离策略，这些策略可能会由于样品处理而改变细胞生物学特性。例如：
- 识别肿瘤样本中的癌症干细胞或浸润性巨噬细胞
- 识别负责药物治疗反应的新型细胞亚群（如：反应者vs.耐药细胞）
- 鉴定染色质可及性变化的细胞亚群，可以洞察发育轨迹（如：大脑发育，辅助T细胞发育，B细胞分化）
Active Motif 一站式scATAC-Seq 技术服务包括：
- 细胞准备
- 转座酶反应
- 使用10X Genomics Chromium平台处理样品
- 文库产生
- 测序
- 生物信息学分析
scATAC-Seq 数据
图1：鉴定单个样品中不同细胞群体之间染色质可及性的变化。
从小鼠肾脏组织产生的单细胞ATAC-Seq数据。 tSNE图上的每个颜色编码蔟代表具有相同开放染色质图谱的细胞群。使用这种方法，从单个样品中鉴定出12个细胞群体。
图2：使用scATAC-Seq分析单个细胞群体可以揭示ATAC-Seq无法捕获的细胞亚群特定数据。
上图： 小鼠肾脏组织的全基因组 ATAC-Seq中的代表性区域。
下图： 与ATAC -Seq代表性区域相同的全基因组scATAC-Seq数据。每个细胞簇显示为唯一的峰迹。 scATAC-Seq的分辨率可识别每个细胞群体独特的开放染色质峰图，从而鉴定出驱动特定表型的细胞。
scATAC-Seq 常见问题
什么是单细胞ATAC-Seq？
单细胞ATAC-Seq（scATAC-Seq）可以以单细胞分辨率识别开放/可及的基因组区域。
scATAC-Seq与普通ATAC-Seq有什么不同？
scATAC-Seq可在单细胞分辨率下鉴定染色质的开放区域，当在检查异种细胞群体时可以鉴定单个样品中细胞亚群之间染色质可及性的变化。换句话说，普通的ATAC-Seq无法区分样品中亚群的开放染色质区域或亚群之间开放染色质的差异。
Active Motif的scATAC-Seq服务中是否包含任何质量控制步骤？
是的。一站式的scATAC-Seq服务包含三个QC步骤。
- 生成scATAC-Seq文库后，使用TapeStation或等效工具评估每个文库的质量和片段大小，并使用qPCR确认总量。
- 浅测序（读取5-10M reads）并进行分析以评估质量指标（FRIP和峰数），然后再进行深度测序。
- 全面测序后，在生物信息学分析过程中对一些数字和图形质量指标进行评估。
此服务是否专门针对人类样本？
scATAC-Seq与人类和小鼠样品均兼容。
scATAC-Seq与FFPE /降解样品兼容吗？
不兼容。该测定法与FFPE不兼容，因为福尔马林固定过程会导致DNA降解，这会对染色质结构造成不利影响，从而对数据产生负面影响。
How many cells and/or amount of tissue is required for Active Motif’s Single-Cell ATAC-Seq service?
We ask for 250,000 to 2 million cryopreserved cells or 20-50 mg frozen tissue.
Active Motif的scATAC-Seq服务的测序深度是多少？
根据10 × Genomics的官方建议，一个细胞至少测30,000 read pairs。若目标捕获5000个细胞，实际细胞捕获量在3000 – 7000 细胞范围。
scATAC-Seq 文件
