scATAC-Seq 简介

单细胞ATAC-Seq(scATAC)基于转座酶介导的测序引物插入开放的染色质区域。像普通的ATAC-Seq一样,该测定法提供了染色质开放和可及区域的轮廓,这些轮廓指示了单细胞分辨率下的活跃调控区域。
我们的scATAC-Seq服务可以同时检测数千个细胞的全基因组染色质可及性,从而可以检测异种群体中的细胞亚群,这种细胞亚群的信息会在普通ATAC-Seq中丢失。
使用scATAC-Seq有什么优势?
scATAC-Seq可用于鉴定复杂样品中具有不同染色质可及性谱的细胞亚群,从而无需诸如FACS或磁珠分选等分离策略,这些策略可能会由于样品处理而改变细胞生物学特性。例如:
- 识别肿瘤样本中的癌症干细胞或浸润性巨噬细胞
- 识别负责药物治疗反应的新型细胞亚群(如:反应者vs.耐药细胞)
- 鉴定染色质可及性变化的细胞亚群,可以洞察发育轨迹(如:大脑发育,辅助T细胞发育,B细胞分化)
Active Motif 一站式scATAC-Seq 技术服务包括:
- 细胞准备
- 转座酶反应
- 使用10X Genomics Chromium平台处理样品
- 文库产生
- 测序
- 生物信息学分析
scATAC-Seq 数据

图1:鉴定单个样品中不同细胞群体之间染色质可及性的变化。
从小鼠肾脏组织产生的单细胞ATAC-Seq数据。 tSNE图上的每个颜色编码蔟代表具有相同开放染色质图谱的细胞群。使用这种方法,从单个样品中鉴定出12个细胞群体。

图2:使用scATAC-Seq分析单个细胞群体可以揭示ATAC-Seq无法捕获的细胞亚群特定数据。
上图: 小鼠肾脏组织的全基因组 ATAC-Seq中的代表性区域。
下图: 与ATAC -Seq代表性区域相同的全基因组scATAC-Seq数据。每个细胞簇显示为唯一的峰迹。 scATAC-Seq的分辨率可识别每个细胞群体独特的开放染色质峰图,从而鉴定出驱动特定表型的细胞。
scATAC-Seq 常见问题
什么是单细胞ATAC-Seq?
scATAC-Seq与普通ATAC-Seq有什么不同?
Active Motif的scATAC-Seq服务中是否包含任何质量控制步骤?
- 生成scATAC-Seq文库后,使用TapeStation或等效工具评估每个文库的质量和片段大小,并使用qPCR确认总量。
- 浅测序(读取5-10M reads)并进行分析以评估质量指标(FRIP和峰数),然后再进行深度测序。
- 全面测序后,在生物信息学分析过程中对一些数字和图形质量指标进行评估。
此服务是否专门针对人类样本?
scATAC-Seq与FFPE /降解样品兼容吗?
How many cells and/or amount of tissue is required for Active Motif’s Single-Cell ATAC-Seq service?
Active Motif的scATAC-Seq服务的测序深度是多少?
scATAC-Seq 文件