ChIP-IT® Express染色质免疫沉淀试剂盒

磁珠使ChIP快速,简单和更可重复

染色质免疫沉淀(ChIP)在技术上具有挑战性,并且结果难以解读。Active Motif的ChIP IT®Express试剂盒通过应用蛋白质G偶联磁珠的简化方案来消除其中的一些挑战,使ChIP只需一天就能完成。试剂盒提供超声或者酶消化两种方案制备染色质。使用Active Motif提供的ChIP-IT®对照试剂盒, qPCR引物组已剪切好的染色质引物组和已剪切好的染色质来完成您的实验设计,可以在每一步验证您的结果。要了解这些功能与我们提供的其他ChIP试剂盒的差异,请参阅我们的ChIP试剂盒选择指南

ChIP-IT® Express试剂盒亮点

  • ChIP-IT Express超声法对于难以裂解的细胞、培养细胞和组织样品来说是高质量的染色质片段化方案。
  • 如无超声仪,培养细胞系样本只需简单的使用我们的ChIP-IT Express Enzymatic kit。
  • 快速的操作步骤使ChIP实验在一天内完成成为可能。
  • 蛋白质G磁珠提供低背景富集和简化的洗涤步骤。

要了解更多有关ChIP-IT Express的信息,请单击下面的“说明”和“概述选项卡。找专家做实验?我们的表观遗传服务团队可以为您提供ChIP、ChIP-Seq和许多其他基因组范围的数据生成和分析服务。

Become a ChIP Assay Expert
 
Name Format Cat No. Price  
ChIP-IT® Express 25 rxns 53008 ¥6,640 Buy
ChIP-IT® Express Enzymatic 25 rxns 53009 ¥7,150 Buy
ChIP-IT® Express Shearing Kit (included in 53008) 10 rxns 53032 ¥3,120 Buy
ChIP-IT® Express Enzymatic Shearing Kit (included in 53009) 10 rxns 53035 ¥3,640 Buy
ChIP-IT® Protein G Magnetic Beads (included in 53008 & 53009) 25 rxns 53014 ¥3,580 Buy
Siliconized Tubes, 1.7 ml 25 tubes 53036 ¥980 Buy

ChIP-IT Express改善ChIP

ChIP-IT Express通过减少或消除几个耗时的步骤来改进传统ChIP。由于所提供的磁珠的背景比传统琼脂糖珠低得多,因此不再需要预先清理和封闭步骤。因为离心步骤已被快速磁性吸附取代,所以洗涤更容易。而且,与传统ChIP方案的8次洗涤相比,只需要3次洗涤。这大大减少了实验过程中的动手操作时间。这不仅节省了时间,而且减少了样本的操作次数,最大限度地减少了洗涤过程中可能发生的DNA损失,这有助于提高产量以及保持样本间的一致性。

优化的缓冲液减少背景

ChIP-IT Express试剂盒中包含的磁珠和磁条使ChIP更快和更容易,试剂盒的缓冲液也经过优化,为您提供更好的ChIP结果。洗脱和解交联缓冲液有助于减少背景,这使您能够识别较小的信号峰。背景的减少也使少量起始细胞的实验成为可能(请参见概览选项卡中的图2)。此外,这些缓冲液是规划一起使用的,所以您现在可以在从磁珠上洗脱DNA的同时进行解交联。

这些简单的改进使您能够快速、轻松地得到结果,让同时进行多个ChIP实验成为可能。使用ChIP IT Express试剂盒,您可以使用多通道移液器在PCR管中进行多个ChIP(图1和图2)。这种方法实际上使我们开发出了ChIP-IT Express HT试剂盒。这是一种高通量ChIP试剂盒,可以在96孔板上同时处理多达96个样本。

图1 & 2:使用ChIP-IT Express处理多个样本

磁珠的应用使得免疫沉淀和清洗步骤更加快速和容易,因为磁珠颗粒聚集在试管的一侧,甚至被完全拉出缓冲液。在不干扰磁珠颗粒的情况下去除缓冲液更简单,这使得现在使用多通道移液器在PCR管中执行多个ChIP成为可能。

强力磁条

ChIP-IT Express试剂盒包含一个强力条形磁铁,可将移液枪头盒转变为用于免疫沉淀和清洗的磁性支架。P1000枪头盒可与Eppendorf管一起使用(图3),而P200枪头盒可与PCR管一起使用(图1和2)。其他商用的磁性管支架,例如Ambion(图4)和Promega的支架也可以使用。

图3:使用标准枪头盒进行磁珠ChIP

ChIP-IT Express试剂盒包含一个强力条形磁铁,可将移液枪头盒转换为磁性支架,用于洗涤蛋白质G偶联的磁珠。

图4:ChIP-IT Express配套使用Ambion 6孔管磁性支架

商用的磁性管架,如Ambion和Promega的,也可以与ChIP-IT Express一起使用。

超声或可重复酶切方案的选择

成功的ChIP实验的第一步是将染色质打断成200-1000bp的片段。最常见的片段化方案是使用超声设备,如Active Motif的EpiShear™超声仪。然而,由于超声过程中乳化和过热的问题,使得超声方案很难优化。正因为如此,或者如果你没有超声仪,Active Motif已经开发出一种高效、温和的通过酶消化来剪切染色质的方案。因为Active Motif提供ChIP-IT-Express和ChIP-IT-Express Enzymatic试剂盒,所以您可以选择您喜欢的方法。更多完整信息,请点击此处了解。

ChIP配套产品和ChIP & ChIP-Seq验证抗体

为了简化实验问题排查、实验结果解读和验证抗体在ChIP中的可用性,Active Motif提供了物种特异性(人、小鼠和大鼠)ChIP-IT对照qPCR试剂盒,其中包含一个阳性对照抗体,一个增强小鼠单克隆抗体结合亲和力的桥连抗体,一个用于评估非特异性结合的阴性对照抗体,以及用于实时或终点PCR的物种特异性阳性和阴性对照引物。此外,我们还为人类、小鼠、大鼠、斑马鱼、果蝇和酵母中的许多常见ChIP靶点提供超过35种ChIP对照qPCR引物组,以及来自ENCODE项目细胞系的项目细胞系的现成ChIP染色质。这些染色质已通过优化条件的超声处理和ChIP验证。最后,Active Motif提供不断增加的ChIP验证抗体ChIP-Seq验证抗体,这些抗体非常适合与我们所有的ChIP-IT试剂盒和ChIP相关产品一起使用。

试剂盒是如何工作的?

ChIP涉及免疫沉淀经过交联固定的蛋白/DNA复合物。首先,完整的细胞用甲醛固定交联,从而保持蛋白和DNA的相互作用。然后,DNA被剪切成均匀的小片段,使用目标DNA结合蛋白的抗体免疫沉淀DNA/蛋白复合物。免疫沉淀后,DNA经过洗涤,解交联,蛋白被蛋白酶K处理去除。洗脱后的DNA可以用Active Motif的染色体免疫沉淀DNA纯化试剂盒进行纯化,纯化后的DNA可以直接进行qPCR或NGS测序下游分析。

ChIP-IT Express schematic
图1:使用ChIP-IT Express的染色质免疫沉淀示意图
 

ChIP-IT Express提供高质量的ChIP-Seq数据

使用3µg Active Motif的AbFlex®组蛋白H3K9ac重组抗体(目录号91103)和Active Motif的ChIP-IT Express试剂盒免疫沉淀25µg来自K-562细胞的染色质。在ChIP之后,使用下一代DNA文库建库试剂盒(目录号53216和53264)制备Illumina兼容测序文库,并使用NextSeq 500进行测序。结果显示高质量的ChIP-Seq信号峰横跨1号染色体的一个区域。

ChIP-IT Express ChIP-Seq data.
图2:使用ChIP-IT Express试剂盒免疫沉淀组蛋白修饰H3K9ac的ChIP-Seq数据

 

使用ChIP-IT Express富集组蛋白修饰H3K9ac的ChIP qPCR数据

使用3µg Active Motif的AbFlex®组蛋白修饰H3K9ac重组抗体(货号91103)和Active Motif的ChIP-IT Express试剂盒免疫沉淀25µg K-562细胞染色质。ChIP后,DNA按1:20稀释,使用Active Motif的人阳性对照引物组ACTB-1和GAPDH-1(货号号71003和71004),人阴性对照引物组1(货号71001)进行qPCR。结果以每1000个细胞检测到的结合情况展示,结果显示阳性对照PCR引物有富集,而阴性对照引物几乎没有富集。

ChIP-IT Express ChIP-Seq data.
图3:使用ChIP-IT Express试剂盒免疫沉淀组蛋白修饰H3K9ac的ChIP-qPCR数据

灵活订货选项

ChIP-IT Express和ChIP-IT Express Enzymatic 试剂盒分别包括蛋白质G磁珠,ChIP-IT Shearing或Enzymatic Shearing试剂盒中的剪切试剂。然而,根据每个剪切染色质样本的ChIP反应数量,您可能会在用完ChIP-IT Express试剂盒中的所有免疫沉淀试剂之前用完剪切试剂。为此,ChIP-IT Sonication & Enzymatic Shearing试剂盒蛋白质G磁珠也可以单独订购。

ChIP-IT Express试剂盒包含的试剂可进行25个ChIP反应。剪切试剂足够用于优化剪切条件及从三个15 cm的培养板(4.5 x 107个细胞)中进行5次染色质剪切制备;每次制备的染色质足够进行大约6次ChIP反应。我们建议您也购买适合您的样本类型的ChIP-IT对照试剂盒,因为使用经过验证的对照组有助于排查实验问题,解释您的结果并验证ChIP中使用的抗体。

组分 & 储存

蛋白质G偶联磁珠、条形磁铁、便签粘点、剪切缓冲液(或消化缓冲液和酶切混合物)、ChIP缓冲液1和2、洗脱缓冲液、解交联缓冲液、洗涤液和10X PCR缓冲液、10X PBS、10X 甘氨酸、1X 裂解缓冲液、蛋白酶抑制剂、PMSF、EDTA、蛋白酶K、蛋白酶K反应终止溶液和RNase A。试剂储存条件从室温到-20°C不等。了解完整的试剂组分及储存条件,请下载完整的试剂盒手册。所有试剂在正确温度下储存,保证6个月内稳定。

下面列出了使用我们的ChIP-IT®Express染色质免疫沉淀试剂盒的一些发表文章。

 

ChIP-IT® Express (Catalog #53008)

 

ChIP-IT® Express Enzymatic (Catalog #53009)

 

ChIP-IT® Protein G Magnetic Beads (included in Catalog #53008 & #53009)