ATAC-Seq是基于转座酶介导,把引物插入开放的染色质区域的测序。 该实验提供了染色质开放和可及区域的全基因组图谱,这些区域指示了活跃的调节区域。
为什么要研究开放染色质?
- 深入了解基因调控,细胞对治疗或疾病的反应
- 识别哪些转录因子正在驱动细胞命运,疾病或反应
- 组织或原代细胞,例如胰岛β细胞
- 有限的病人样本
- 根据开放的染色质特征对患者或样品进行分层
当细胞数目受限时,如果尚不清楚表观遗传学是否在您的细胞系统的反应中起作用,或者不清楚使用ChIP-Seq研究哪种组蛋白修饰最重要,则ATAC-Seq可以很好地替代ChIP-Seq。
ATAC-Seq实验包括
- 细胞制备
- 转座酶反应
- 文库扩增
- 在Illumina平台上测序
- 生信分析
样本分型
Active Motif的服务团队是唯一一个经常从组织生成ATAC-Seq数据的小组。 Active Motif将提供以下样本类型的服务:
- 人和动物组织(包括异种移植物和人体活检组织)
- 原代细胞(包括T细胞和B细胞)
- 流式分选细胞
- 大多数罕见细胞群体
Sample Submission Portal
Our online sample submission portal allows you to easily upload your service project samples and track your project status. Follow the sample submission instructions in the portal to ensure that all your samples arrive at Active Motif in the best possible condition and properly associated with your project.
要了解更多信息,请向我们发送表观遗传服务信息申请。 您还可以下载Active Motif的表观遗传服务手册。
客户对我们的评价
"我正在研究心力衰竭的表观遗传学调控。我在Active Motif表观遗传学服务方面拥有非常好的体验,今后我将继续与Active Motif合作。我得到了销售部和技术支持团队的大力支持, 帮助我完成服务的所有项目。"
Ning Feng, MD, PhD
University of Pittsburgh
查看客户评价的完整列表 >
Name | Cat No. | Price | |
---|---|---|---|
ATAC-Seq Service | 25079 | Get Quote |
Active Motif Epigenetic Services Brochure |
Comprehensive ATAC-Seq Solutions Brochure |
ATAC-Seq Sample Preparation |
Epigenetic Services Citations |
ATAC-Seq Quality Measures
有多种方法可以评估ATAC-Seq数据的质量。最重要的两个是FRiP得分和峰数量。
- FRiP分数:全称Fraction of Reads in Peaks,代表的是与peaks有交叉的reads占总reads数的百分比。 它是对开放区域富集的一种度量,也可以看作是信噪比的度量,其中信号为比对到peak上的reads,噪音为比对到peak外的reads。 FRiP分数根据细胞类型而有所不同。 FRiP分数> 30%是成功的良好指标。 但是,对于一些难处理的样本,只要样本之间具有一致性,较低的FRiP分数也是可以接受的。
- 峰数量:在ATAC-Seq数据中识别出的峰的数量。 像ENCODE这样的数据库建议数据识别出50,000个以上的峰。 但是,这取决于细胞类型,组织和细胞健康状况。
ATAC-Seq和Omni ATAC-Seq已发表的文献
- Buenrostro, J.D. et al. Transposition of native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of open chromatin, DNA-binding proteins and nucleosome position, Nature Methods. 2013; 10:1213-1218.
- Corces, M.R. et al. An improved ATAC-seq protocol reduces background and enables interrogation of frozen tissues, Nature Methods. 2017; 14:959-962.